Di tahun 2004 yang lalu, SMA BOPKRI Banguntapan dengan jenjang akreditasi "DISAMAKAN" genap berusia 45 tahun sejak didirikan pada tahun 1954 dengan nama SMA BOPKRI III Yogyakarta oleh sekelompok pemuda Kristen yang ingin ikut serta mencerdaskan, memajukan bangsanya. Kini SMA tersebut lebih dikenal dengan sebutan “BOBAYO” (BOPKRI Banguntapan Yogyakarta).

Awalnya SMA tersebut diselenggarakan pada siang hari (pukul 14.00-19.00 WIB) dengan misi utama yaitu memberikan kesempatan kepada para pegawai yang masih ingin meneruskan studinya melalui pendidikan yang didasari iman Kristen. Pada era tahun 70-an, SMA BOPKRI III menjadi sekolah biasa yaitu hanya menerima siswa.

Dengan adanya peraturan pemerintah yang mengharuskan pergantian nama sekolah di seluruh DIY, pada tahun pelajaran 1996–1997, nama SMA BOPKRI III Yogyakarta diubah menjadi SMA BOPKRI Banguntapan.

FASILITAS
- Ruang kelas
- Laboratorium Komputer
- Laboratorium Kimia, Fisika, dan Biologi
- Ruang Serbaguna
- Ruang UKS
- Ruang Koperasi / Kantin 
- Ruang BP/BK 
- Lapangan Basket
- Lapangan Volly

EKSTRA KURIKULER 
1. Program Ektrakurikuler Wajib
a. Kelas I    
   - Memilih 1 dari ekstrakulikuler : Olah raga , Seni , Ketrampilan 
   - Komputer 
   - Pramuka 
b. Kelas II    
   - Komputer 
   - Ekstrakurikuler pilihan (siswa memilih sesuai bakat dan minat) 
c. Kelas III    
   - Matrikulasi 
   - Ekstrakurikuler pilihan

2. Program Ekstrakurikuler Pilihan
- Katekisasi
- Matrikulasi
- Komputer
- Paduan suara
- Basket
- Volly
- Pramuka
- Pecinta alam
- Sablon