SMA yang terletak di Jl. Kapten P. Tendean No. 58 ini lebih dikenal dengan sebutan Moega. Setelah lebih dari 50 tahun melayani dunia pendidikan dengan nafas Islami, SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta mengelola 21 kelas (setiap jenjang terdiri dari 7 kelas) dengan memacu sisi intrakurikuler dan ekstrakurikuler.

"Subulus Salam" atau "Jalan Menuju Keselamatan" menjadi slogan yang dijabarkan secara menyeluruh dalam visi dan misi SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Diantaranya SMA yang berdiri sejak tanggal 5 Agustus 1953 ini memiliki visi "Berimtaq, Terdidik, dan Unggul dalam Mutu".

FASILITAS
- Ruang kelas sejumlah 21 kelas
- Poliklinik umum dan UKS
- Laboratorium Media Audio Visual
- Laboratorium Kimia, Fisika, dan Biologi
- Laboratorium Komputer
- Perpustakaan
- Mushala
- Sarana olah raga (Basket, Voli, Bulu tangkis, dll)
- Koperasi sekolah 
- Cafetaria
- Tempat parkir untuk siswa

EKSTRAKURIKULER
- Pramuka
- Baca Tulis Al Quran
- Kelompok Ilmiah Remaja (KIR)
- Jurnalistik 
- Teater
- Qirda
- Hisbul Wathon
- English Club
- Pecinta Alam (PASMAGA)
- Basket
- Voli
- Bulu Tangkis
- Drum Band 
- Beladiri Tapak Suci