Awalnya Kalibayem hanya sebuah sungai biasa yang terletak di Sidorejo, Kasihan, Bantul, Yogyakarta. Namun setelah terjadi hujan yang besar sehingga mengakibatkan badai, jembatan penghubung sungai ini roboh dan areal persawahan meluap menjadi rawa.Setelah badai tersebut berakhir, areal sungai yang dulunya kecil menjadi melebar dan membentuk waduk.

Setelah diruntut akar sejarahnya, ternyata Kalibayem ini dulunya adalah bendungan  yang dibuat semasa Sri Sultan Hamengkubowono ke-7 atau pada tahun 1890 Masehi. Hal tersebut kemudian diperkuat dengan ditemukannya benda-benda kuno ketika dilakukan penggalian ulang. Benda kuno tersebut diantaranya adalah perahu dan dua torpedo kapal, serta benda-benda modern seperti lima granat tua yang masih aktif dan puluhan peluru tajam.

Seiring perkembangannya, saat ini rawa Kalibayem ini dimanfaatkan untuk sarana rekreasi. Banyak kegiatan rekreasi yang dilakukan di lokasi ini. Kegiatan tersebut diantaranya adalah memancing. Rawa yang sekarang banyak dikunjungi oleh penggemar memancing ini menjadi objek yang cukup menarik untuk dikunjungi.