Masjid Perak Kotagede berdiri di sebelah utara Masjid Agung (Gede) Mataram, Kelurahan Trunojayan, Kecamatan Kotagede, Kota Yogyakarta. Masjid yang terletak di tengah pemukiman penduduk ini mulai dibangun pada tahun 1937 dan selesai pada tahun 1939.

Sejarah dibangunnya masjid Perak Kotagede ini tidak terlepas dari perkembangan agama Islam di wilayah Kotagede pada waktu itu. Kotagede dahulu menjadi Ibukota kerjaan Mataram, oleh karena itu dibangunlah sebuah mesjid yang cukup megah dengan bahan kayu jati pilihan sehingga membentuk masjid yang anggun.

Awalnya di situ berdiri Masjid Gede Mataram. Letak masjid yang berada dalam satu komplek dengan makam raja-raja Mataram, menjadikan sebagian masyarakat yang percaya pada hal-hal gaib serta kekuatan roh orang yang sudah meninggal, menggunakan komplek masjid sebagai tempat ritual mereka. Hal inilah yang menjadi keprihatinan dari sebagian penduduk sekitar.

Untuk menghindari pengotoran terhadap agama Islam sedangkan Islam di Kotagede semakin pesat yang ditandai dengan semakin eksisnya Muhamadiyah maka dibangunlah Masjid Perak Kotagede. Masjid Perak Kotagede ini pada masa keemasannya sering dipakai untuk pengajian-pengajian baik kaum tua maupun muda.

Pemberian nama Perak sendiri bukan semata-mata dikarenakan di sekitar masjid merupakan pengrajin perak yang merupakan keunggulan daerah Kotagede, melainkan perak berasal dari kata "Firoq" yang mempunyai arti pemisah. Masjid Perak dijadikan lambang kebebasan dan pemisahan umat dari kekotoran dan kebekuan berpikir pada masa lampau, dan keterpisahan kaum reformis dari keterikatan kekuasaan keagamaan kerajaan dan Islam adat. Sedangkan warna putih dari Masjid Perak, mencerminkan kesucian niat yang ikhlas karena Allah semata-mata.

Bangunan Masjid Perak Kotagede belum banyak mengalami perubahan dari dulu sampai sekarang. Kita dapat melihat ruang utama yang terdiri dari ruang bujur sangkar dengan luas 100 meter persegi dengan atap berbentuk joglo dengan 4 soko guru (tiang penyangga) berbentuk bulat agak runcing yang diletakkan di atas umpak berbentuk bulat panjang dan dikelilingi tembok yang membatasi serambi ruangan bagian utara dan selatan.

Serambi masjid beratap limasan. Disekeliling tembok terdapat jendela besar di bagian barat di sebelah kanan dan kiri (pengimanan), di tembok bagian selatan terdapat 2 pintu di sebelah kanan dan kiri jendela, dan pintu bagian timur menghadap ke halaman sempit.

Untuk mengetahui ketepatan waktu sholat, masjid memiliki alat yang sangat sederhana berupa jam bancet (jam matahari) yang saat ini sudah jarang dijumpai. Hiasan kaligrafi terdapat di atas pintu utama. di bagian lain ada juga hiasan kaligrafi yang dimaksudkan untuk menciptakan suasana khusyu dalam menjalankan ibadah. Hanya saja gempa pada tanggal 27 Mei 2006 yang melanda jogja dan sekitarnya sedikit merusak bangunan masjid ini.

Mimbar di Masjid Perak ini menjadi hal yang terpenting. Mimbar ini ada sejak jaman masjid Perak pertama kali berdiri hingga sekarang. Dan juga mimbar ini ada lebih awal dibandingkan dengan masjid Perak sendiri karena awalnya mimbar ini adalah kepunyaan Masjid Gede Mataram.

Peran Masjid pada awalnya memang digunakakn sebagai tempat ibadah umat Islam, sekarang sering digunakan untuk kegiatan kemasyarakatan seperti pengajian, kegiatan-kegiatan remaja masjid dan kegiatan ibu-ibu masjid. Hingga kini, masjid yang sejak berdiri dan selama proses perjalanannya, begitu sarat dengan nilai sejarah itu, masih berdiri kokh dan umat Muslim terus menerus memakmurkannya dengan berbagai kegiatan dan amalan ibadah.