Masjid yang merupakan salah satu komponen asli Kotagede ini berdiri di selatan kawasan Pasar Kotagede sekarang, tepatnya di kelurahan Jagalan, kecamatan Banguntapan Bantul. Pada halaman luar terdapat bangsal terbuka dan beringin tua yang rindang, sedangkan pada bagian kanan dan kiri jalan terdapat deretan rumah para abdi dalem. Pada ujung jalan berdiri sebuah gapura berbentuk paduraksa dengan atap bersusun tiga dan daun pintu dengan ukiran kayu.

Seluruh bangunan masjid termasuk makam di belakangnya dikelilingi oleh tembok tinggi. Sedangkan di belakang gapura berdiri sebuah rana/kelir, di mana jika ada orang yang hendak memasuki halaman masjid harus belok ke kanan.

Masjid dengan desain arsitektur nusantara ini beratap tumpang bersusun tiga dengan serambi dan parit yang mengelilingi masjid pada tiga sisinya. Dinding ruang utama masjid terbuat dari balok-balok putih yang disusun tanpa spesi. Pada bagian utama masjid, dapat dilihat empat saka guru jati utuh dengan usuk dan reng yang disusun ngruji payung, karena tidak ada plafon yang berfungsi sebagai langit-langit. Di dalam ruang utama terdapat ruang pengimaman/migrab pada dinding sebelah barat dan mimbar kayu berukir.

Di antara ornamen yang tertera adalah ragam geometris, sulur-suluran, bahkan pada kaki mimbar terdapat ornamen berbentuk sepasang binatang yang distilir dengan sempurna sehingga bentuk aslinya tidak dapat dikenali lagi.