Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) AAN semula berbentuk akademi dengan nama Akademi Administrasi Negara (AAN) yang didirikan oleh Yayasan Notokusumo dengan Surat Keputusan No. 02/YNK/AAN/1979 tentang pendirian dan Statuta Akademi Administrasi Negara (AAN). Selanjutnya ditetapkan lahirnya Akademi Administrasi Negara tanggal 14 Juni, sehingga setiap tanggal 14 Juni diperingati sebagai Dies Natalies AAN. Kampus AAN semula berada di jalan Masjid No. 5, Yogyakarta, merupakan pinjaman (Alm.) KGPAA Sri Paduka Paku Alam VIII yang berkedudukan sebagai Pelindung Yayasan Notokusumo. Notokusumo ditetapkan sebagai nama Yayasan oleh KGPAA Sri Paduka Paku Alam VIII dengan mengambil nama dari Paku Alam I, yaitu Pangeran Notokusumo yang memiliki jiwa dan semangat perjuangan melawan penjajah Belanda. Notokusumo berasal dari kata noto artinya Penataan dan kusumo yang artinya Bunga Bangsa.

Tahun 2002 AAN mengajukan surat kepada Ditjen Dikti untuk meningkatkan status menjadi Sekolah Tinggi, dan 25 Februari 2002 mendapatkan izin Pertimbangan untuk Pembukaan Program Studi Baru dan Perubahan Bentuk dari Akademi menjadi Sekolah Tinggi. Tanggal 13 Mei 2002 dengan Keputusan Mendiknas RI No.79/D/O/2002 tentang Pemberian Izin Penyelenggaraan Program-program Studi dan Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) AAN Yogyakarta, AAN berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi dan nama AAN sebagai nama STIA sehingga terbentuk singkatan STIA-AAN, dengan mengampu tiga program studi, yaitu :

1. Administrasi Negara Jenjang Program DIII;
2. Administrasi Negara Jenjang Program S1;
3. Administrasi Niaga Jenjang Program S1.
 
Selanjutnya Program Studi S1 Administrasi Negara STIA-AAN mendapat status Terakreditasi BAN_PT dengan Nilai B berdasar SK BAN-PT No. 019/BAN-PT/Ak-X/S1/XII/2006 tanggal 8 Desember 2006. Sesuai dengan SK Yayasan No.083/Peg-STIA-AAN/VII/2002, maka Direktur AAN secara otomatis menjadi Ketua STIA-AAN dan para Pembantu Direktur menjadi Pembantu Ketua.